Gli effetti collaterali  possono essere vari ma comunque legati al sistema nervoso centrale.

Nel caso delle  benzodiazepine si tratta di un'accentuamento degli effetti previsti cioè si può avere atassia, amnesia, astenia, sonnolenza.

Occorre sempre assumere questi farmaci sotto controllo medico con un certo riguardo poiché è possibile avere un'assuefazione e pertanto non ottenere più gli effetti desiderati.

La maggior parte dei sonniferi causa una dipendenza sia fisica che psicologia pertanto se si vuole interrompere l'assunzione occorre diminuire gradatamente le dosi ed eventualmente sostituire il farmaco con altri via via più blandi oppure con un dosaggio inferiore ma una emivita più lunga.

L'emivita è la durata della persistenza del farmaco nel plasma o nel sangue di un individuo.

Vi sono infatti farmaci con emivita lunga (48 ore), media (tra le 24 e le 48 ore), breve (entro le 24 ore), molto breve ( tra una e 7 ore).

Chi interrompe bruscamente l'assunzione può patire conseguenze quali:
stati d'ansia, tachicardia, brividi e sudori freddi, nausea, cefalea ed a volte dolori articolari e muscolari, intolleranza alle luci forti, depressione, irritabilità, eccitazione.

Tutto ciò è dovuto a causa della crisi di astinenza: nonostante la tossicità di questi farmaci non sia alta, essi causano appunto una dipendenza.